Năm 1817, ông kết hôn với Despina Maniatis, xuất thân từ dòng họ lâu đời Psara. Họ có bảy đứa con:

• Nikolaos Kanaris, (1818–1848) - một thành viên của lực lượng viễn chinh đến Beirut, bị giết tại đây năm 1848.
• Themistoklis Kanaris, (1819–1851) -một thành viên của lực lượng viễn chinh đến Ai Cập, bị giết tại đây năm 1851.
• Thrasyvoulos Kanaris, (1820–1898) - Đề đốc.
• Miltiadis Kanaris, (1822–1899) - Đề đốc, một nghị viên của Quốc hội Hy Lạp trong nhiều năm, giữ chức Bộ trưởng Hải quân ba lần vào các năm 1864, 1871, và 1878.
• Lykourgos Kanaris, (1826–1865) - Luật sư
• Maria Kanari, (1828–1847) - kết hôn với A. Balambano.
• Aristeidis Kanaris, (1831–1863) - một sĩ quan mất trong cuộc nổi dậy năm 1863.

Wilhelm Canaris, một Đô đốc người Đức phát biểu rằng ông có thể là con cháu của Konstantinos Kanaris. Tuy nhiên nghiên cứu gia phả gia đình vào năm 1938 cho thấy ông không có liên quan máu mủ với Konstantinos và gia đình ông có nguồn gốc từ Ý.[6]